蛋白質是生命功能的執行者，直接體現生命活動的多樣性和復雜性。蛋白質組學研究是指在大規模水平上研究蛋白質的特征，蛋白組研究可以反映、注釋和表征特定表征或疾病相關的蛋白質，為預測、診斷、治療和預防醫學應用發展奠定基礎。
蛋白質定性與定量分析；蛋白質功能研究；翻譯后修飾；亞細胞定位；參與的代謝途徑；蛋白質與蛋白質或其它分子間的相互作用。
（1）基礎醫學/生物醫藥領域
① 診斷標志物發現：篩選和鑒定疾病特異的生物標記分子，作為疾病診斷、預后效果等的重要證據。
② 治療靶點挖掘：識別與健康或疾病相關的蛋白質作為潛在治療或預防靶點，分析蛋白質靶點的可藥性，針對靶點設計和開發新藥。
③ 新藥研發：一方面可以研究候選藥物成分，另一方面可以聯合轉錄組信息分析藥物作用機理和毒理，篩選有效藥物，改進藥效和藥物安全性。
④ 調控機制研究：研究蛋白質之間、DNA/RNA與蛋白質之間的相互作用，分析基因之間的協同和拮抗作用，理解生物網絡和系統生物學。
⑤ 蛋白質結構研究：針對未知蛋白質或多肽，分析其氨基酸序列并預測空間結構，以及研究其功能作用，改進基因注釋，發現新基因功能等。
⑥ 發病機制與病理進程研究：研究疾病發生時的蛋白質分子變化，以及不同病理階段分子水平的差異，揭露疾病發生的分子機制，促進后續藥物篩選以及患者的病程管理等。
（2）其他領域
①農林：抗逆脅迫機制，生長發育機制，育種保護研究等。
②畜牧業：肉類及乳制品等品質研究，致病機理研究等。
③微生物：致病機理，耐藥機制，病原體-宿主相互作用研究等。
（1）非靶向蛋白質組學
又稱發現蛋白質組學，不需要事先了解目標蛋白的信息，能夠對蛋白質樣本進行全面高通量的定量和鑒定，可以同時檢測和分析樣本中的多個蛋白質，更關注蛋白質篩選和動力學。數據依賴性采集模式（Data dependent acquisition，DDA）和數據非依賴性采集模式（Data independent acquisition，DIA）是質譜分析中常用的兩種數據采集模式。
DDA：在一級質譜的每個時間窗口進行檢測循環時，選擇性采集信號相對較強的肽段離子進入二級質譜碎裂。因此，DDA無法有效的采集到信號強度較弱的信號離子，限制了檢測靈敏度，采集結果具有一定隨機性，無法對大量樣品完成可重復性的位點分析。
代表性技術：
① 4D-Label-free：無需化學標簽（如同位素）標記肽段；DDA采集模式；利用四維（保留時間、質何比、離子強度、淌度）分離離子，可鑒定蛋白的有無情況。
② TMT：通過同位素標簽標記肽段；DDA采集模式；混樣上機，可消除批次效應。
DIA：采集所設置的最低強度值以上的所有肽段離子進行二級質譜分析，遺漏的數據少，準確性更高。
代表性技術：
① 4D-DIA：4D和label free蛋白組技術基礎上，采用DIA采集模式，覆蓋度、穩定性好。
② Astral DIA：基于新一代Orbitrap Astral高分辨質譜儀，結合了四極桿質量分析器（Quadrupole）、軌道阱質量分析器（Orbitrap）以及全新非對稱軌道無損質量分析器（Astral），分辨率、靈敏度、覆蓋度、穩定性全方面提升。
Astral DIA蛋白組學優勢
l 高覆蓋率：2ug Hela細胞裂解液60min掃描梯度，能測定12000多個蛋白；
l 高靈敏度：250pg Hela細胞裂解液18min掃描梯度，能測定5335多個蛋白；
l 高穩定性：針對真菌和E.coli多樣本分析，88%鑒定蛋白CV<20%，75% CV<10%；
l 檢測速度快，周期短：1天可測定180個樣本，共獲得147萬多個蛋白。
（Source：https://www.thermofisher.com/）
（2）靶向蛋白組學
通過預先選擇目標蛋白針對性的分析復雜混合物，進行定量和分析，類似ELISA或Western blot等技術，更側重于檢測目標蛋白質/多肽的絕對定量。
代表性技術：
① P7k/11k：化學合成并修飾得到DNA適配體（Aptamer），篩選出針對目標蛋白特異性識別的適配體。能達到與單克隆抗體相當的親和力，進而對目標蛋白進行廣泛、特異、準確地定量分析。
② Olink：基于PEA技術（Proximity Extension Assay，PEA）的靶向高敏微量體液蛋白質組學，通過抗體對目標蛋白特異性識別、結合抗體末端寡核苷酸序列的擴增，實現對疾病與生理過程中血清、血漿等各類體液樣本中目標蛋白的定量分析。
③ PRM：基于LC-MS/MS的靶向蛋白質分析技術，能夠對目標蛋白、目標肽段(包括發生翻譯后修飾的肽段)進行高選擇性、高特異性、高重復性和高準確性檢測，實現對目標蛋白/肽段的相對或絕對定量分析。
注：以上僅為參考樣品類型，具體送樣建議請聯系公司專業人員。
