服務(wù)介紹

對(duì)與核糖體結(jié)合的正在翻譯的全長RNA進(jìn)行測(cè)序，可以進(jìn)一步深化轉(zhuǎn)錄組研究，直接在翻譯水平對(duì)應(yīng)生物表型，可知哪些基因正在翻譯，以及翻譯起始效率；可通過翻譯機(jī)制研究彌補(bǔ)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序差異表達(dá)基因過多或過少的問題；同時(shí)也可以分析來源于circRNA或lncRNA的ORF，預(yù)測(cè)可能翻譯的circRNA，且較之Ribo-seq捕獲的短片段具有更高的靈敏度，能更容易獲得circRNA的信號(hào)。

核糖體-新生肽鏈復(fù)合物測(cè)序技術(shù)路線

測(cè)序方案

測(cè)序平臺(tái)：Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus

測(cè)序模式：PE150
測(cè)序數(shù)據(jù)量：10 Gb raw data

A peptide encoded by circular form of LINC-PINT suppresses oncogenic transcriptional elongation in glioblastoma

NATURE COMMUNICATIONS（2018），DOI: 10.1038/s41467-018-06862-2

測(cè)序策略：RNA-seq + RNC-seq

該研究對(duì)人的正常細(xì)胞和膠質(zhì)瘤細(xì)胞分別進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）及翻譯組測(cè)序（RNC-seq），通過測(cè)序數(shù)據(jù)分析，總共識(shí)別了15189個(gè)circRNA分子，其中7017個(gè)來自RNA-seq數(shù)據(jù)，12863個(gè)來自RNC-seq數(shù)據(jù)。對(duì)兩組樣本數(shù)據(jù)中顯著差異表達(dá)的circRNA分子取交集，初步篩選出了320個(gè)circRNA分子（圖1）。由于大部分circRNA的CDS區(qū)域與其編碼蛋白的母基因相同，為了排除假陽性數(shù)據(jù)的干擾，研究團(tuán)隊(duì)主要關(guān)注來源于非編碼基因的10個(gè)候選circRNA分子。進(jìn)一步通過蛋白編碼能力預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)了5個(gè)具有蛋白編碼能力的circRNA分子。最終研究團(tuán)隊(duì)選擇來源于LINC-PINT基因的circRNA進(jìn)行后續(xù)研究。該circRNA可以編碼一個(gè)87個(gè)氨基酸的多肽（圖2），這個(gè)多肽可直接與聚合酶相關(guān)因子復(fù)合物(PAF1c)相互作用，抑制多癌基因的轉(zhuǎn)錄延伸。該多肽及其相應(yīng)的circRNA表達(dá)水平在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中較正常組織降低。研究結(jié)果證實(shí)了circRNA編碼的肽段的存在及其在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤發(fā)生發(fā)展中的潛在功能。

Figure1. 兩種測(cè)序顯著差異表達(dá)的circRNA分子取交集

Figure2. 特異性抗體IP實(shí)驗(yàn)及LC-MS/MS分析鑒定PINT87aa多肽序列

生物信息分析

基礎(chǔ)分析

原始數(shù)據(jù)質(zhì)控檢查

比對(duì)結(jié)果質(zhì)控檢查

基因覆蓋度分析

基于基因表達(dá)的樣品主成分分析

基因表達(dá)分析

差異基因表達(dá)分析

差異基因GO功能分析

差異基因KEGG通路分析

差異基因Rectome通路分析

針對(duì)mRNA基因的GSEA分析

circRNA預(yù)測(cè)及鑒定

circRNA差異分析

差異circRNA宿主基因的GO功能分析

差異circRNA宿主基因的KEGG通路分析

差異circRNA宿主基因的Rectome通路分析

差異circRNA的靶向miRNA預(yù)測(cè)分析

差異circRNA及靶向miRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控制圖

長鏈非編碼RNA的識(shí)別

長鏈非編碼RNA差異分析

差異lncRNA順式調(diào)控基因的GO功能分析

差異lncRNA順式調(diào)控基因的KEGG通路分析

差異lncRNA順式調(diào)控基因的Rectome通路分析

高級(jí)分析

circRNA翻譯潛能預(yù)測(cè)分析

翻譯效率分析

*可選擇只測(cè)circRNA的方法步驟進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，詳詢技術(shù)支持

部分結(jié)果示例

圖1. RNC-seq差異表達(dá)基因熱圖展示

圖2. RNC-seq差異表達(dá)circRNA的KEGG通路富集圖展示

圖3. RNC-seq的circRNA-miRNA網(wǎng)絡(luò)圖展示

Table1. RNC-seq原始樣本送樣建議

*翻譯組測(cè)序的細(xì)胞樣本處理方法和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序不一樣，具體處理、保存和運(yùn)輸方法請(qǐng)咨詢技術(shù)支持。

物種范圍：人、小鼠、大鼠，其他物種請(qǐng)?jiān)斣冧N售或技術(shù)支持