服務介紹
Exosome能夠通過生物屏障，在細胞間傳遞功能性核酸分子，從而發揮各種生物學功能，有望成為一種新型給藥途徑及基因治療載體。吉賽生物自主研發外泌體提取試劑盒，能夠快速分離提取exosome RNA進行建庫測序，滿足外泌體mRNA，lncRNA，circRNA，miRNA的不同研究需求。
外泌體RNA測序技術路線
測序方案
分析對象：mRNA+lncRNA+circRNA
測序平臺：Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus
測序模式：PE150
測序數據量：10 Gb raw data
分析對象：miRNA
測序平臺：Illumina Novaseq 6000
測序模式：PE150
測序數據量：10 M raw reads
生物信息分析
外泌體全轉錄組測序丨Exo-RNA-seq(mRNA+lncRNA+circRNA)
基礎分析
原始數據質控檢查
比對結果質控檢查
基因覆蓋度分析
基于基因表達的樣品主成分分析
基因表達分析
circRNA預測及鑒定
長鏈非編碼RNA的識別
高級分析
差異基因表達分析
差異基因GO功能分析
差異基因KEGG通路分析
差異基因Rectome通路分析
針對mRNA基因的GSEA分析
circRNA差異分析
差異circRNA宿主基因的GO功能分析
差異circRNA宿主基因的KEGG通路分析
差異circRNA宿主基因的Rectome通路分析
差異circRNA的靶向miRNA預測分析
差異circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖
長鏈非編碼RNA的識別
長鏈非編碼RNA差異分析
差異lncRNA順式調控基因的GO功能分析
差異lncRNA順式調控基因的KEGG通路分析
差異lncRNA順式調控基因的Rectome通路分析
外泌體miRNA測序丨Exo-miRNA-seq
基礎分析
原始數據質控檢查
比對結果質控檢查
RNA種類分析統計
miRNA表達分析
基于miRNA表達的樣品主成分分析
miRNA差異分析
差異 miRNA 靶基因預測
差異 miRNA 靶基因的GO功能分析
差異 miRNA 靶基因的KEGG通路分析
差異 miRNA 靶基因的Rectome通路分析
高級分析
差異miRNA與差異表達基因調控分析
差異miRNA與差異表達基因網絡繪圖
Table1. 外泌體測序原始樣本送樣建議
送樣類型 | 送樣量 | 備注 |
細胞上清 | ≥30mL | 無支原體污染 |
血清、血漿 | ≥4mL |
Table2. 外泌體測序樣本送樣建議
送樣類型 | 測序類型 | 送樣量 | 完整性（RIN值） | 濃度 | 純度 |
血清血漿、細胞上清、外泌體RNA | exo-RNA-seq | ≥20ng | / | / | 無DNA，蛋白/鹽離子等污染，樣本無色透明不粘稠 |
exo-miRNA-seq | ≥10ng | / | / |
*更具體的送樣方法請詳詢銷售或技術支持
物種范圍：人、小鼠、大鼠等哺乳動物，擬南芥、水稻、番茄、玉米、大豆等植物，其他物種詳詢銷售或技術支持
Q1：外泌體全轉錄組測序，提取出來的RNA有100~200ng。是采用微量建庫的方法建庫，還是常規建庫方法建庫呢？
A1：如果提取出來的RNA量超過100ng，建議采用常規去rRNA鏈特異方法，用100ngRNA進行全轉錄組建庫。相對來說，建庫input的模板量越大，基因信息的覆蓋度越高。微量建庫方法是在樣本量較少的情況下采用的建庫方法，在可以的情況下，盡量采用常規建庫方法進行實驗。
Q2：外泌體研究，應選用血漿還是血清？
A2：血清是血液凝固之后收集的液體，其中少了纖維蛋白原，凝血因子，以及多了很多凝血產物。纖維蛋白原可轉化為纖維蛋白，具有凝血功能。在凝血過程中血小板會分泌大量的外泌體，有研究發現血清中有接近50%的外泌體來自額外的分泌。
血漿=血液-血細胞
血清=血漿-纖維蛋白原-凝血因子
所以一般實驗選擇血漿，在特殊情況下，如研究與血小板相關的疾病的時候，血清更適合。
