nba流程推荐_欧冠抽签仪式_英超历届排名_足球非法投注是什么意思 - 预选赛亚洲

  • ·

    • 單細胞轉錄組測序

  • 產品介紹
  • 案例解析
  • 結果展示
  • 送樣建議

  • 服務介紹


    單細胞轉錄組測序（single cell RNA sequencing，scRNA-seq）指在單個細胞水平對mRNA進行高通量測序的一項先進技術，原理是將分離的單個細胞中微量mRNA通過高效擴增后再進行高通量測序。

     

    利用傳統轉錄組測序（Bulk RNA-seq）通常需要研磨和提取生物體、組織或細胞群體中的混合總RNA進行測序，最終得到一群不同的細胞的平均轉錄組數據。因此傳統的Bulk RNA-seq忽略了細胞之間的差異，掩蓋了細胞的異質性。單細胞轉錄組測序極大地革新了轉錄組學的研究。

     

    單細胞測序應用包括發育生物學、腫瘤學、神經科學、免疫學、疾病機理研究、細胞圖譜構建等。



    圖1 單細胞測序主要流程

    （source：Huang D, et al., 2023）

     

    技術優勢


    ① 揭示細胞異質性，高分辨率分析：有利于發現細胞亞群和罕見細胞類型，提供細胞功能和狀態的詳細信息；

    ② 動態過程研究：適用于研究細胞分化、增殖和腫瘤發生等動態過程中的基因表達變化；

    ③ 無偏倚的細胞分群：能夠更精準地對細胞進行分群，尤其是在免疫學、腫瘤學和遺傳學研究中。

     

    吉賽優勢


    ü 更全面更深入生信分析：除了基礎分析外，額外贈送高級分析，涵蓋較高技術含量的細胞分類與注釋、組間差異基因分析、差異基因功能富集分析等項目；還可提供更個性化、多元化的定制分析。

     

    ü 完備的細胞捕獲平臺：吉賽具備10X Genomics、MobiNova（墨卓）、DNBelab C（華大）、BD Rhapsody共4種不同的單細胞轉錄組測序技術平臺，以及針對性平臺選擇建議，下單無煩惱！

     

    技術平臺對比


    單細胞平臺

    1 0x Genomics

    BD Rhapsody

    MobiNova（墨卓）

    DNBelab C4（華大）

    技術原理

    微液滴：

    液滴全封閉體系，避免串擾 

    微孔技術：

    自然沉降 

    微流控：

    液滴全封閉體系，避免串擾 

    微流控：

    液滴全封閉體系，避免串擾

    單芯片樣本量

    舊Chromium Controller平臺：

     8通道/芯片；

    新Chromium X平臺：

     16通道/芯片

    BD Rhapsody HT Xpress ：

     8通道/微孔板

    MobiNova-100：

     4通道/芯片1-4個樣本

    Dnbelab C4：

     4通道/芯片1-4個樣本 

    樣本量/芯片

    舊平臺：最多8例

    新平臺：最多16例

    老平臺： 1-12例

    新平臺：最多96例

    最多4例 

    最多4例

    細胞通量

    舊平臺：500-10000 cells/通道/樣本

    新平臺：2000-20000 cells/通道/樣本

    100-40000 cells/通道/樣本； 100-60000 cells/通道/樣本；

    500-20000/通道/樣本 

    5000-30000/通道/樣本

    多胞率、捕獲效率

    7-8%/10000 cells、可達65% 

    2-3%/10000cells、可達80% 

    5%/10000cells ，可達70% 

    ＜8%/10000cells ， 50%-60%

    運行時間

    18min 

     > 40 min 

    6 min 

    9 min

    微球分離方法

    化學消化分離 

    化學消化分離 

    發光激發分離 

    化學消化分離

    測序類型

    3’轉錄組、 3’核轉錄組、 5’VDJ免疫組 ，

    單細胞ATAC、單細胞表面蛋白、單細胞CRISPER

    3’轉錄組、 5’VDJ免疫組 ， Abseq，單細胞ATAC

    3’轉錄組（植物）、 3’核轉錄組、 5’VDJ免疫組 （人、小鼠、兔、猴） ，

    單細胞ChIP-seq，單細胞微生物基因組

    3’轉錄組、 3’核轉錄組，

    單細胞ATAC

    優勢

    高通量， 文獻發表數量多，認可度高 

    對細胞溫和 ；

    靈活上樣；

    適用于檢測中性粒細胞、干細胞等； 

    可混樣 ，性價比高；

     高細胞通量；捕獲效率高

    國產平臺 ，擁有更具競爭力的試劑研發和產線；

    靈活上樣 ，不浪費； 運行時間短；

    性價比高， 數據表現接近10x平臺

    國產平臺，擁有更具競爭力的試劑研發和產線； 

    靈活上樣 ，不浪費；

    運行時間短；

     性價比高

    劣勢

    價格偏高

    市場占有率偏低 ；

    實驗運行時間久，人工成本較高

    文獻較少

    文獻較少




  • 晝夜節律調節因子PER1通過抑制巨噬細胞的炎癥信號傳導，促進細胞重編程

    The circadian regulator PER1 promotes cell reprogramming by inhibiting inflammatory signaling from macrophages

    IF：7.8

    測序策略：單細胞測序技術（scRNA-seq）

     

    樣品：來自野生型（WT）、Per1基因敲除（Per1-/-）和Per2基因敲除（Per2-/-）小鼠的MEFs（小鼠胚胎成纖維細胞）被用于制備iNs。在重編程的第4、7、10天，對細胞進行scRNA-seq分析。

     

    細胞捕獲和測序：通過10X Genomics平臺進行單細胞測序，平均每個樣本捕獲約10,623個細胞，每個細胞平均獲得72,767個讀數。

     

    數據分析：使用UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）算法進行降維，以直觀展示不同細胞群集。通過t-SNE算法和聚類分析，識別不同的細胞類型，包括神經元、成纖維細胞和巨噬細胞。進行基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA），以識別在特定細胞群中表達上調或下調的基因集。







    （A）UMAP分析9個樣本。（B）Dot plot顯示每簇前3的標記基因。(C) 6個細胞集群比例的時間剖析圖。(D)描繪神經元集群中神經元基因表達水平。(E)第7天，與WT和Per2-/-巨噬細胞相比，Per1-/-巨噬細胞中表達水平更高(紅色)或更低(藍色)的基因富集分析。(F) Per1-/-細胞在圖（E）中TNF-α和IL-6信號通路上調基因的熱圖。(G) 軸突引導基因的熱圖。




  • 生信分析






  • 樣品上機要求：

    活性大于80%（AO/PI）

    細胞濃度700~1200 cell/uL

    細胞總量 5*10^5 cell，建議10w，至少5w

    細胞尺徑 5um≤X≤30um


    * 由于單細胞樣品要求較嚴格，具體送樣方法請詳詢銷售或技術支持